Pro většinu zákroků nabízíme možnost ošetření pod operačním mikroskopem. Lékaři umožňuje provést zákrok až pod 25 násobným zvětšením. Ošetření pod operačním mikroskopem využíváme zejména při ošetření kořenových kanálků. Mikroskop je nezbytný zejména při reendodoncii – již v minulosti ošetřených kanálků, které jsou znovu infikované, a při zalomeném nástroji v kanálku. Používáme operační mikroskopy Leica a Labomed.